Z volně žijící fauny se na Maledivách rozšířila jen drobnější, většinou stěhovavá zvířata: korýši, varani, chameleoni, ještěrky a malí hadi, hroznýš, žáby a různé druhy ptactva. Hojně jsou rozšířeny krysy, které působí značné škody. Velice bohatě je zde zastoupen hmyz. Různí pestrobarevní motýli, brouci, pavouci a mravenci. Nejpočetnější a z biologického hlediska velice důležití jsou všudypřítomní krabi z mnoha druhů.
Spolu s vránami jsou krabi „zdravotním personálem“ přírody celého souostroví. Z ptactva jsou nejtypičtějším zástupcem indické vrány, kukačky, krátkouchá sova, několik druhů dlouhoocasých tropických papoušků, šedé, zelené i vzácné bílé volavky, vodní slípky kambili a divoké kachny, poštolky, fregatky, mořské vlaštovky atd. Největší hospodářský význam pro obyvatele Malediv mají ryby, a to zejména tuňák, zlatá makrela, kambala, mečoun, rejnok elektrický, žralok, létající ryby aj. Dále jsou to např. mořští krabi a vodní želvy.